生态环境治理，主要是为保护和改善农业生态环境，促进农业可持续发展。
1.指导思想
深入贯彻落实党的十八大、十八届三中全会关于加强生态文明建设的总体要求，加强统一规划，强化政策支持 ，加大投入力度，采取综合措施，加强小流域治理、草原（场）改良和土地沙化治理建设 ，改善和保护农业生态环境 ，加大自然生态系统保护力度 ，提高农业可持续发展能力，努力构建国家粮食安全的保障体系 ，为加快促进生态文明建设奠定坚实基础 。
2.基本原则
生态综合治理项目建设应坚持因地制宜、分类推进；合理布局，突出重点 ；多措并举 ，综合配套；集中连片，整体推进；政府主导，多元投入等基本原则 。
3.区域布局
生态综合治理项目建设布局，按照报经财政部领导批准的《关于农业综合开发工作思路的请示》 、《关于调整国家农业开发战略思路的报告》有关要求 ，坚持以水土流失严重、草原草场退化、土地沙漠化等生态环境脆弱地区为重点，兼顾农田防护林建设。生态综合治理项目在资金和项目安排向生态建设任务重的地区倾斜 ，兼顾其他地区生态建设 。积极鼓励具备条件的小流域治理区发展经果林建设，增加农民收入
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